أدانت مؤسسة "حرية الفكر والتعبير" التدخل السافر لجهاز الأمن الوطني، "أمن الدولة سابقًا" في الشئون الداخلية للجامعات المصرية، كما كان الحال قبل ثورة 25 يناير، وذلك علي أثر تسريب قائمة تحتوي على أسماء المرشحين لمناصب عمداء الكليات وأعضاء المجمع الانتخابي بجامعة القاهرة، وتتضمن القائمة ملاحظات على المرشحين ونشاطهم، حيث تضمن التقرير الأمني ثلاثة مستويات من التصنيف، الأول حسب الشعبية، الثاني حسب التوافق مع الإدارة الحالية أو معارضته.

أما الثالث فجاء لتصنيف الاتجاهات السياسية والفكرية، وتنوعت التشبيهات بين إخواني ،ليبرالي،عقلانى،معاكس للإدارة الحالية، عضوًا بحركة 9 مارس، محترم، ليست له شعبية، وليس له أي اتجاه سياسى.

 ويوضح التقرير استمرار التدخل الأمني في الشئون الداخلية للجامعة، حتى بعد قيام ثورة 25 يناير، وادعاء الأجهزة الأمنية بوقف التدخل القمعي بالجامعات، سواء فيما يخص الطلاب أو أعضاء هيئة التدريس، فى حين زادت المطالب داخل الجامعة في الفصل الدراسي الثاني بفك القبضة الأمنية عن الجامعات المصرية، وتحريرها للمحافظة على استقلالها، وأنه لا تنازل عن مطلب إبعاد أي جهة أمنية عن الشئون الداخلية للجامعة ، وذلك لضمان استقلاليتها التامة ، لضمان مستوى تعليمي يحقق طموحات كل من الطلاب وأعضاء هيئة التدريس، فانتخابات القيادات الجامعية، هي أول عملية ديموقراطية حقيقية تجري داخل البلاد بعد الثورة ، وهي بمثابة حجر الأساس لديمقراطية حقيقة في مصر، وباجتياز هذه العملية بنجاح ودون تدخل أمني كما كان يحدث في السابق، ستكون مصر على أول طريق الديمقراطية.