رفض البابا شنودة الثالث،بابا الإسكندريةبطريرك الكرازة المرقسية، السماح بإنشاء نقابة للكهنة والمرتلين، مؤكدا أن الكهنة يخضعون لرعاية وإشراف المطران أو البطريرك، وذلك ردا على الطلب الذى تقدمت به مجموعة من المرتلين والكهنة بإنشاء نقابة لرجال الدين المسيحى، ليكون المطلب الأول لرجال الدين المسيحى بعد ثورة 25 يناير، حيث أوضح طالبو فكرة إنشاء النقابة أن الدولة المدنية الحديثة توافق على هذه الأفكار.

كان عدد من كهنة المحافظ والمرتلين وعمال الكنائس تقدموا بدراسة من أجل الموافقة على إنشاء نقابة للقساوسة والقمامصة الأرثوذكس لحمايتهم ورعاية أسرهم، وتوفير إعانات لهم فى حالة المرض، وقد عرض الطلب أحد الكهنة منذ عامين، ولاقى رفضا من الكنيسة والبابا والأساقفة، ولكن هذه المرة طالب مقدمو الطلب وهم كهنة أقاليم بمساواتهم بأقرانهم فى القاهرة، الذين ترعاهم اللجنة البابوية التى شكلها البابا شنودة، وأضافوا أنهم يعانون فى المحافظات من عدم وجود مشروع للعلاج أو اهتمام كافٍ بهم وبأسرهم.

وكشفت مصادر كنسية أن عمل كادر للكهنة يشبه النقابات الأخرى هو أمر مستحيل، لأننا نرفض أن نشابه العالم، خاصة أن هذه الأفكار تحتاج مبالغ ضخمة يصعب تدبيرها فى هذا الوقت الحالى، مضيفا أن الكنيسة دورها روحى، وان كل كنيسة تقوم برعاية الكهنة التابعين لهم مادياً وروحياً، كما أن كل مطرانية بها لجنة لرعاية الكنيسة وتقديم كل الخدمات للأولاد الكهنة، كما تخدم المرتلين وعمال الكنيسة، محذرة من فكرة إنشاء هذه النقابات، التى تهدف للعمل السياسى، حيث ستؤدى إلى التباس وخلط بين دور النقابة والدور السياسى.