شهدت لجنة الشئون الدستورية والتشريعية جدلًا حول الأحكام الصادرة من القضاء العسكرى ضد السياسيين وتأثيرها على مباشرتهم للحقوق السياسية، حيث قال ممدوح اسماعيل القيادى بحزب الأصالة السلفى " احكام القضاء العسكرى السياسية، تسببت فى منع خيرت الشاطر من الترشح للرئاسة وادخلتنا فى جدل قانونى .

وهنا رد صبحى صالح، نائب رئيس اللجنة الدستورية والتشريعية نيابة عن اللواء ممدوح شاهين عضو المجلس الاعلى للقوات المسلحة، والذى حضر الاجتماع قائلا " عقب الثورات يصدر عفو لمن كان خصمًا سياسيًا للنظام الساقط والدور على البرلمان الذى يجب أن يقوم بالإصلاح التشريعى و العفو، سيتضمن العقوبات السياسية وسنراعيه فى قانون العفو الذى سيعرض على اللجنة .

ومن جانبه، رفض اللواء شاهين إعادة النظر فى الدعاوى المحالة للقضاء العسكرى بعد الثورة وخاصة بعد تاريخ 11 فبراير، وأضاف خلال اجتماع اللجنة " المحكمة العامة صاحبة الاختصاص، وعلى النيابة والمحاكم العسكرية أن تحيل من تلقاء نفسها للنيابة العامة ما يرد إليها من دعاوى تمت إحالتها للقضاء العسكرى قبل 11 فبراير2011 بموجب المادة السادسة من قانون القضاء العسكرى .

وتابع " اما مرحلة ما بعد 11 فبراير فتتضمن  قضايا البلطجة التى ظهرت بعد الثورة بسبب الانفلات الأمنى و أحلنا البلطجية للشرطة العسكرية الى ان استقرت الأمور بعد التنسيق النائب العام " .

وهنا اعترض النواب وصوت النواب على حذف التاريخ رافضين ما اسموه التمييز بين المضارين، وانتقد العمدة التعديل، وقال العمدة " التعديل لن يمكن من الطعن، ولابد من إلغاء كافة الاحكام وهنا رد اللواء شاهين عليه " الهدف من المشروع الذى قدمه العمدة وحسين ابراهيم  مفصلة على اشخاص بعينها، ولا يجب تجاهل اننا نفتح الباب امام المحكمة العليا للطعون وهنا رد العمدة قائلا " والله لا اقصد حد بعينه .

ورفض اللواء شاهين ما اسماه اهدار مبدأ الفصل بين السلطات ولا يجوز ان تنظر جهة قضائية احكام جهة قضائية اخرى لأن ما يحدث إهدارًا لمبدأ الفصل بين السلطات

وطالب النائب  محمود يوسف بالعفو عن السياسيين الصادر ضدهم احكام وهنا رد صبحى صالح "سننتظر قانون العفو  "

ووافقت اللجنة التشريعية فى نهاية عملها على مشروع قانون بتعديل بعض احكام قانون القضاء العسكرى ويتضمن  التعديل  مادتين الاولى تقضى بإلغاء المادة رقم 6 من قانون القضاء العسكرى، والثانية تنص على أن تحيل النيابة العسكرية والمحاكم العسكرية  الى النيابة العامة وبدون رسوم من تلقاء نفسها  ما يوجد لديها من دعاوى جارى تحقيقها والمنظورة والتى سبق احالتها للقضاء العسكرى قبل 10 فبراير 2011 بموجب المادة 6 من القانون العسكرى .

ويكون المحكوم  عليهم بأحكام نهائية  فى الجرائم المنصوص عليها فى الباب الثانى من الكتاب الثانى من قانون العقوبات، والتى لم يطعن عليها أمام المحكمة العسكرية العليا  والمحالة للقضاء العسكرى بموجب المادة 6، ان يتقدموا بطعون امام المحكمة العسكرية  العلياللطعون خلال 60 يومًا من تاريخ العمل بالقانون .