انتقد المجلس القومي لحقوق الإنسان طريقة تعيين قضاة التحقيق الذين أصدروا قرارا بإغلاق عدد من مقار منظمات المجتمع المدني، حيث أشار إلي انه تم تعيينهم بغير الطريق الذي رسمه قانون الإجراءات الجنائية باب قاضى التحقيق والذي ينص على أن يتم تعيين قضاة التحقيق بقرار من الجمعية العمومية لمحكمة الاستئناف، بينما تم تعيين هؤلاء القضاة بقرار من رئيس المحكمة وبطلب من وزير العدل، معربا عن قلقه من الإعلان عن استمرار هذا  النهج فى التعامل مع عدد آخر كبير من المنظمات.

وأكد المجلس فى بيان له اليوم عقب اجتماع اللجنة التنفيذية الطارئ للنظر فى التطورات المتعلقة بمداهمة عدد من مقرات المنظمات غير الحكومية المصرية والدولية، أنه لم يتم تقديم قرار قضاة التحقيق بالتفتيش إلى مسئولي المنظمات التي تم تفتيشها، فضلا عن أنه لم يتم فرز الأوراق والمستندات التي تم التحفظ عليها ونقلها إلى النيابة العامة فى محضر بجرد محتوياتها، مشيرا إلى أنه تم غلق وتشميع المقار دون قرار قضائي, وبالتالي تم إعادة تسليم بعضها بعد ثبوت خطأ إجراء الغلق.

وأكد البيان خرق قاعدة سرية التحقيق بالمخالفة لقانون الإجراءات الجنائية بتسريب مضمونها، بما يؤثر على سير العدالة ويسيء إلى سمعة بعض المنظمات والأفراد قبل انتهاء التحقيق والوصول إلى نتائج محددة، وطالب بضرورة وقف إجراءات المداهمة , وإعادة المقار إلى مسئولي المنظمات وضرورة استئناف الحوار الذي بدأه المجلس القومي لحقوق الإنسان بين الحكومة ومنظمات المجتمع المدني, من أجل تطوير البيئة التشريعية الحاكمة لعمل منظمات المجتمع المدني، وبما يؤدى إلى تسهيل عملها فى خدمة المجتمع وتدعيم دولة سيادة القانون, وبناء الدولة الديمقراطية الحديثة التي تحترم حقوق الإنسان.